La filosofía medieval europea estuvo muy marcada por las luchas que se dieron entre los dos grandes poderes,  papado e imperio. A partir del siglo X, la polémica entre fe y razón era la cara filosófico-teológica del debate político entre los defensores del poder papal, que pensaban que la filosofía era una  sierva de la teología, y los que abogaban por el emperador,  quienes sostenían que la filosofía se imponía sobre la fe. El problema es discernir cuál es la relación entre el conocimiento sobrenatural del hombre, alcanzado por revelación, y el conocimiento natural, logrado a través del intelecto y los sentidos. En resumen una de las preocupaciones de Tomás fue la relación entre teología y filosofía, fe y razón. Santo Tomás prestó mucha atención a este tema, presente a lo largo de toda la edad media. Hasta entonces lo más característico, era subordinar los conocimientos racionales al ámbito de la fe, puesto que ésta por sí misma no es suficiente para alcanzar la verdad, que es Dios.
En Europa la única teología que se practicaba era la revelada, y más en concreto la teología cristiana de corte agustiniano. Sin embargo, la teología tal como se hacía entonces era muy literal y ligada a la autoridad. Tomás se dio cuenta de que ese tipo de teología revelada era insuficiente para las exigencias de los nuevos tiempos. El averroísmo iba en aumento. Los averroístas decían que es posible una filosofía autónoma; es decir, el entendimiento humano es capaz de hacer ciencia, filosofía y teología sin tener en cuenta la fe. La argumentación racional pasaba así a primer plano. Tomás concibió, entonces, hacer una magna obra de teología revelada, pero con un amplio uso de la filosofía. Además, para hacerla más filosófica, consideró oportuno incluir dentro de ella cuestiones puramente filosóficas, o sea, de teología filosófica. De este modo, hay cuestiones como la de la existencia de Dios, que es puramente filosófica, mientras que otras como si Dios es trino o si Jesús de Nazaret es Dios son de teología revelada, lo cual no impide, sino que exige, un amplio uso de la filosofía para aclarar ese tema revelado. Denominó a esta obra ‘’Summa theologiae’’, Suma de teología, para indicar que es un tratado de teología, pero de carácter filosófico.
Dado que hay dos teologías: la teología filosófica y la sagrada, Tomás se impone la tarea de distinguirlas y clarificar la relación entre ambas.
Siguiendo a Aristóteles, Tomás separa las dos teologías y trazas los límites entre ambas. La teología filosófica es la parte de la metafísica que investiga sobre la causa suprema de todas las cosas, de los entes (que son el objeto de la metafísica), no tiene a Dios como objeto, sino sólo como causa de su objeto.
Por otro lado, la fe también es colaboradora de la filosofía. La teología hace asequibles las verdades filosóficas más importantes para aquellos que no reflexionan filosóficamente. También permite que los filósofos no se equivoquen en sus demostraciones, ya que las conclusiones ya son conocidas gracias a la revelación.
 podríamos decir que existen dos caminos hacia la verdad perfectamente diferenciados: la razón y la fe. La razón conoce a partir de los sentidos y guiada por sus principios es capaz de conocer con verdad en el ámbito de los seres sensible (naturales) y algunas verdades (Dios existe, Dios es uno, etc.) acerca del primer principio, Dios, remontándose de los efectos, las criaturas, hasta la causa, su Creador. En este ámbito tiene plena autonomía y no necesita de iluminación alguna. La fe conoce por revelación divina todo cuanto sobrepasa la limitada y finita razón natural del hombre. Son los llamados artículos de la Fe, primeros principios de la teología. Tiene, pues, su ámbito propio, en el conocimiento que la razón humana no puede penetrar. Existe una zona de colaboración o confluencia en la que ambas fuentes de conocimiento pueden colaborar a que el hombre alcance la verdad acerca de Dios y de las demás cosas. Esta zona está representada por aquellas verdades ya señaladas acerca de Dios que fueron demostradas por algunos filósofos con la sola luz de la razón –Dios existe, Dios es uno – y ha sido igualmente reveladas por Dios. Son los llamados preámbulos de la Fe.
El planteamiento filosófico de Santo Tomás, está determinado por la introducción de la doctrina de la doble verdad. Si bien reconoce que la fe y el conocimiento racional son diferentes, postulará que no son opuestos sino perfectamente armónicos. Para su doctrina, la filosofía y la teología tienen un mismo objeto: Dios. Dios será la causa primera de todo ente, y estudiado mediante la luz natural (la razón)  será también el fin al que se orienta la salvación del hombre y conocido mediante la luz sobrenatural de la revelación. Para probar que se trata de dos dominios relacionados en armonía, Tomás se fundamentará en que siguiendo los escritos de un filósofo pagano (que Santo Tomás llama siempre el filósofo) haya podido alcanzar verdades coincidentes con la fe como la mismísima existencia de Dios. Ello será indiscutible muestra de cuán lejos puede llegar la razón sin la ayuda de la fe. A diferencia de lo que sostenían los partidarios de Averroes, razón y fe no son incompatibles ya que la metafísica y la física aristotélica proporcionarían los principios racionales con cuya ayuda puede construirse una explicación de la realidad coherente, pero también, abierta a la fe. Aquellas verdades que la fe enseña pueden alcanzarse también mediante la sola razón (son los preambula fidei): que Dios existe, que es uno, incorpóreo, etc. Y si Dios nos las ha revelado, en lugar de dejar que la razón las descubriera por sí sola, ello se debe a que son precisas para nuestra salvación y con el conocimiento intelectual solo difícilmente se logran: si bien en principio todos pueden conocerlas, de hecho las conocen racionalmente muy pocos. Pero la razón no puede alcanzar totalmente a Dios… para la salvación son precisas verdades que superan todo poder de la razón y sólo pueden conocerse mediante la revelación, se trata de misterios o verdades sobrenaturales como la Trinidad, la Encarnación, la resurrección… que no son demostrables de modo alguno y se denominan articuli fildeli (dogmas). Sin lugar a dudas, el conocimiento racional es más claro que el de la fe y por ello, hasta donde lo racional llegue hay que preferir tal camino. Pero si por su modo de conocimiento la razón es superior, la fe excede puesto que su objeto es infinito: Dios, que supera todo cuanto la razón puede alcanzar. Pero la filosofía (la razón) no debe negar la revelación, entonces, sino cumplir su propia función: hacer ver que los misterios no son irracionales sino suprarracionales, es decir, que sin ser opuestos a la razón, la superan.
 para él no se trata de que la razón nos permita llegar a la verdad religiosa; su visión de la razón es más subordinada a la fe: la razón necesita de la fe para orientarse, para no caer en herejía.
Los ataques más consistentes a la posibilidad de emplear la razón para aclarar la religión vinieron de la mano de Guillermo de Occam, el cual, sobre la tesis empirista de rechazar cualquier tipo de conocimiento que pretenda trascender los límites de la experiencia, estableció una radical separación entre teología y filosofía, rompiéndose la continuidad entre ambas que había defendido Santo Tomás. La verdad revelada queda excluida del ámbito del conocimiento humano, que no puede ser otro más que el de la naturaleza,
En el mundo oriental, destacamos la figura de Averroes. En el mundo árabe, la presión de la religión islámica fue más débil, ya que se asimiló antes la filosofía griega. Aun así entraron también en conflicto fe y razón, ya que el Islam ortodoxo vio con preocupación el desarrollo de la especulación filosófica por considerarla un peligro para la fe. Aun así, la posición dominante fue la armonía, defendida por sus principales representantes, como Avicena. Averroes, el más célebre filósofo del Islam medieval quiso restaurar la confianza en la filosofía, llevando a cabo una lectura de Aristóteles libre de toda contaminación teológica o neoplatónica. Defendió la autonomía de la filosofía como verdadera ciencia del hombre siendo su objetivo la búsqueda de la verdad por medio de una especulación racional rigurosa y sistemática. Para mantener el equilibro, creyó que había dos vías de acceso a la verdad, pero la verdad sigue siendo una, por lo que la verdadera filosofía no puede ser peligrosa para la fe. Su influencia se extendió por todo el mundo, aunque fue muy criticado en el mundo cristiano debido a su defensa de la filosofía estricta de la filosofía.

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